I 1850-årene gjennomførte han og sønnene en rekke opprør og væpnede aksjoner mot slaveeiere i Midtvesten og i Appalachene – ikke minst et blodig angrep hvor fem hvite slaveeiere ble drept i Kansas i 1856. Brown selv hevdet han ikke deltok i denne massakren, men han støttet den offentlig.
Den 16. oktober 1859 brøt Brown og fire svarte menn – en av dem en rømt slave – seg inn i byen Harpers Ferrys våpenkammer i Vest-Virginia, stjal en rekke våpen og forskanset seg i forsøk på å starte et slaveopprør i området.[8] De krevde frigivelse av de fire millioner slavene som da fantes i Sørstatene. På denne tiden utgjorde svarte ti prosent av befolkningen i byen, hvorav 150 slaver og 150 frie.[9]
Oberst Robert E. Lee stormet stedet etter to dager, og Brown ble dømt for oppvigleri og hengt i byen Charles Town den 2. desember. Rettssaken mot ham skapte stor debatt i samtiden.[10] Umiddelbart før henrettelsen uttalte Brown:
I wish to say furthermore, that you had better – all you people at the South – prepare yourselves for a settlement of that question that must come up for settlement sooner than you are prepared for it. The sooner you are prepared the better. You may dispose of me very easily; I am nearly disposed of now; but this question is still to be settled – this negro question I mean – the end of that is not yet.[11]
Galleri
Første kjente bilde av John Brown.
Idealisert bilde av Brown på vei til henrettelsen.