Johannes Heftye (Joh. Tho.) var sønn av handelsmannen Thomas Johannessen (Ths. Joh.) Heftye (1767–1821/7) og Cathrine Tschudi (1773–1807). Faren var en sveitsisk immigrant som i 1818 stiftet familieselskapet Ths. Joh. Heftye & Søn.[1] Han var eldre bror til teolog, grosserer og filantrop Henrik Heftye (1804–1864).[2]
Han (Joh. Tho.) var om lag tjuefem år da han med faren Ths. Joh. i 1818 startet Ths. Joh. Heftye & Søn, et bankierfirma, det vil si at man driver bankvirksomhet i eget navn.[3] I likhet med faren (Ths. Joh.), satt han (Joh. Tho.) som medlem av Børs- og Handelskomitéen i 1824, 1830, 1835, 1836, 1841 og 1842. Han var og dens formann i 1831.[4]
Johannes Heftye ble valgt inn på Stortinget i 1827 for valgkretsen Christiania. Han satt i én periode,[5] kun avbrutt av en utenlandsreise.[6]