Fra og med sin første utgivelse i 1986, Talk of Heaven, har Henry hatt en liten, men respektabelt mengde utgivelser av musikkalbum. Hans utgivelse Scar fra 2001 blir betraktet som hans gjennombrudd og hvor han til dels går tilbake til countrysounden fra begynnelsen av sin karriere til tross for at hans medmusikanter var hovedsakelig jazzmusikere som Marc Ribot, Brian Blade, Brad Mehldau og andre. De sjangrer han strekker seg mellom ligger i spenningsfeltet alternativ country til jazz og soul. Nettstedet Allmusic mente at Henry «hadde bevegd seg inn i det rom hvor kun han og Tom Waits holdt til og hvor de er låtskrivere skapte dype arketypiske figurer som er metaforiske, allegoriske og ‘virkelige’».[1] Joe Henrys tiende og siste album, Civilians, ble utgitt i 2007 på plateselskapet ANTI-.
I de siste årene har han blitt stadig mer ettertraktet som produsent av andres plater, blant annet Teddy Thompson, Solomon Bruke, Ani DiFranco, Aimee Mann, Bettye LaVette og andre. I september 2006 gikk han inn i et samarbeid med en musiker som han i lang tid hadde beundret, Loudon Wainwright III, for å komponere musikk for Judd Apatows film Knocked Up. Biter av instrumentalerneble brukt som bakgrunnsmusikk i filmen, men de fullstendige utgavene av sangene ble Wainwrights album Strange Weirdos i 2007. Albumet ble produsert av Joe Henry.
Hanry har vært gift med Madonnas søster Melanie Ciccone siden 1985. Det var Henrys hustru som fikk ham til å sende sin sang «Stop» til Madonna. Denne ble omarbeidet og innspilt som «Don't Tell Me» på Madonnas album Music fra 2000. Henrys egen versjon kom på albumet Scar og ble benyttet i en episode av TV-serien The Sopranos. Madonna og Joe Henry har også spilt inn en duett, «Guilty By Association», foruten å ha samarbeidet på en rekke andre av Madonnas sanger.
