Innen sitt prelatur i Amazonasområdet viet Dom Joaquim seg ikke bare til evangelisering, med opprettelse av menigheter, men ble også med Movimento de Educação de Base, med radioskoler og et fjernundervisningsprogram. Ved å følge Paulo Freires metode, bidro prelaturet til dannelsen av lokalsamfunn og ledere. Som biskop støttet han også dannelsen av fagforeninger og kooperativer over hele prelaturets territorium. Han implementerte retningslinjene fra Det andre Vatikankonsil, og investerte i opplæring av lekfolk. Han ledet Sociedade de Obras Sociais e Educacionais da Prelazia de Tefé og prelaturets Movimento de Educação de Base forfattet et verk om Tefés apostoliske prefektur/prelaturs historie og ledet det ukentlige radioprogrammet Hora Pastoral.
26. mai 1978 ble hans tittel biskop-prelat (av Tefé), idet Vatikanet justerte måten territorialprelaturer ble betraktet administrativt.
Pave Johannes Paul II innvilget hans aldersrelaterte avskjedssøknad den 15. desember 1982.
