En av forutsetningene for karrieren, var hans overgang til katolisismen. I 1677 hadde han giftet seg med den katolske Isabella van Merode-Westerloo (d. 1701), hvilket hadde vært en torn i øyet for den danske kongen. Da faren døde i 1671 utskiltes godset Rethwisch i Storman som egen linje under Joachim Ernst.
På Rethwisch hadde hans ugifte tante Eleonora av Slesvig-Holsten-Sønderborg bodd frem til sin død i 1699. Her lot Joachim Ernst samme år oppføre et nytt residensslott.[6]
Hertugen døde i Madrid 4. juli 1700. Hans eneste overlevende sønn med Merode-Westerloo Johan Adolf overtok hertugtitlen.
Referanser
^The Peerage, The Peerage person ID p578.htm#i5772, oppført som Joachim Ernst II Herzog von Schleswig-Holstein-Sonderburg-Rethwisch[Hentet fra Wikidata]