Fløyas kvinnelag har vært med i norsk toppfotball siden begynnelsen. Riktignok greide ikke Fløya å kvalifisere seg til den øverste divisjonen i 1986, og startet i 1987 i 2. divisjon. De vant sin avdeling, men ble slått ut av Jardar IL i kvalifiseringen. I 1988 tapte de kvalifisering på målforskjell for Vard. I 1989 vant Fløya sin avdeling for tredje gang, og rykket opp til toppdivisjonen.
Opp og ned mellom øverste og nest øverste
Debutsesongen 1990 ga nedrykk som nest dårligste lag. Etter direkte opprykk i 1992 berget de seg fra nedrykk åttende plass i 1993 på bekostning av Grand Bodø og Jardar. Neste sesong rykket Fløya ned etter tap for Haugar. Først i 1997 rykket Fløya opp igjen, men med bare 6 poeng ble det nedrykk igjen i 1998 selv om de satte tilskuerrekord. I 2000 var laget bare ett mål unna kvalifisering.
I sesongen 2009–10 var Trine Lise Andersen trener. De rykket ned til 1. divisjon i 2010. Peter Pedersen hoppet inn som trener senhøstes 2010, Trond Erling Jenssen var trener 2011, Elisabeth Wahlin 2012, Einar Hauglid 2013, Odd-Karl Stangnes 2014. Deretter var Roger Nilsen trener 2015–16, så de rykket ned til 2. divisjon. Etter opprykk til 1. var den tidligere Fløyaspiller Eline Torneus trener i 2017. Den tidligere Tromsø IL-spiller Mike McCabe ble ny trener i 2018.[1]