Horsens Fjord er ca. 18 km lang, og strekker seg fra Horsens havn til Kalsenakke (Kolsnakke) på Gylling Næs på den nordlige siden og Hundshage, sydøst for Snaptun, på den sydlige siden. I fjorden ligger øyene Alrø, Hjarnø og Vorsø som hovedsakelig er flate med strandområder og laguner langs kystene. Saltinnholdet i Horsens Fjord er cirka 2%.
Alrø og Hjarnø er delvis oppdyrket. Vorsø har tidligere hatt landbruk og øyen ligger i dag hen som urskog og den har en stor skarv og en stor hegrekoloni. Skarverne, som søker føde adskillige kilometer fra yngleplassen, kan observeres i hele Horsens Fjord.
Vorsø er sammen med ett i alt 2.000 hektar stort område på nordsiden av fjorden, fredet. Det dreier seg om områder omkring Søvind, Sondrup og Åkær. Det fredede området er både geologisk, historisk og kulturmiljømessig interessant, og har store landskapelige verdier.
Horsens Fjord danner et Ramsar-område på 427,37 km² sammen med øyen Endelave og omkringliggende sjø. Verneområdet ble opprettet 2. september 1977 og har nummer 152.[1]