Henning Mortensen ble utdannet lærer i 1962 og har studert litteratur ved Århus Universitet Han arbeidet i flere år som lærer før han ble forfatter på heltid. Mortensen er vidt bereist, og var en av de mange internasjonale frivillige som deltok ved de arkeologiske utgravningene av Masada i 1963. I 1971 grunnla han forlaget Jorinde & Joringel. I en periode var han også leder for forfatterforlaget Arena.
Mortensen debuterte i 1966 med diktsamlingen Det kan komme over én. Senere har han produsert en lang rekke dikt- og novellesamlinger, romaner, kriminalromaner, barne- og ungdomsbøker, skuespill og hørespill. Mest kjent er han kanskje for sin ti-binds, delvis selvbiografiske, samtidsroman om Ib Nielsen og hans familie, påbegynt med Havside sommer i 1993 og avsluttet med Raketter i 2000. Han har mottatt en rekke priser for sitt arbeide.