Haanja kommune er en tidligere landkommune i Võru fylke i Estland, langs grensen til Latvia. Kommunen lå sør i fylket og administrasjonssenteret var småbyen Haanja. Kommunen hadde cirka 1 180 innbyggere og et areal på om lag 170 km².[3] Folketallet var svakt fallende.
Det største tettstedet var Haanja med ca 150 innbyggere.