Fra 26. oktober 2009 til 2012 ledet Monsignor Pozzo diskusjonene mellom Vatikanets teologer og representanter for St. Pius X-broderskapet med sikte på en tilnærming. Han er medforfatter av instruksjonen Universae Ecclesiae for utførelse av Motu proprio Summorum Pontificum, publisert den 13. mai 2011.
Den 3. august 2013 utnevnte pave Frans ham på nytt som sekretær for Den pavelige kommisjon «Ecclesia Dei». Han innehadde dette vervet til Ecclesia Dei-kommisjonen ble oppløst i januar 2019.