De første kjente beboere i området var av manobofolket. De bodde i et område som tilsvarer den moderne barangayen Daan Lungsod, og som etterhvert utvidet seg til den nedre vestsiden av Gingoog.[trenger referanse] Grunnleggelsen av Gingoog blir datert til året 1750. Grunnleggerne var katolske misjonærer tilhørende ordenen fransiskanerrekollektene.
I 1868 fikk den status som pueblo, og i 1903 ble den en forvaltningsenhet, kommune, under den amerikanske koloniregjeringen.[trenger referanse] Kort tid etter ble den tilbakeført til lavere nivå, til en barrio under kommunen Talisayan, men så ett år etter en egen kommune igjen.[trenger referanse]
Den 18. juni 1960 ble Gingoog med Republic Act Nr. 2668 elevert til bystatus av president Carlos P. Garcia.