Gerstner var 1819-24 professor i praktisk geometri ved det polytekniske institutt i Wien og beskjeftiget seg deretter fullt og helt med bygging av jernbaner. Hans første verk var hestejernbanen mellom Budweis og Linz (1825 -28). I Russland bygde han 1834-37 den første jernbanen (St. Petersburg - Tsarskoje Selo - Pavlovsk).
Russerne engasjerte ham så til å bygge jernbanelinje fra St. Petersburg til Moskva. Han dro til USA dels for å studere jernbanene der, dels for å engasjere amerikanske ingeniører for Moskva-linjen, men døde kort tid etter ankomst i Philadelphia.
Bibliografi
Über die Vortheile der Anlage einer Eisenbahn zwischen der Moldau und Donau. Wien, 1824.
Bericht an die P.T. Herren Actionärs über den Stand der k. k. privilegierten Eisenbahn-Unternehmung zwischen der Moldau und Donau, vom Bauführer Franz Anton Ritter von Gerstner. Wien, Dezember 1827.
Über die Vortheile der Unternehmung einer Eisenbahn zwischen der Moldau und Donau. Wien, Februar 1829.
Handbuch der Mechanik. von Franz Joseph Ritter von Gerstner. Aufgesetzt, mit Beitr. von neuern englischen Konstruktionen vermehrt u. hrsg. von Franz Anton Ritter von Gerstner. Wien 1831–1834.
Die innern Communicationen der Vereinigten Staaten von Nordamerika. Wien 1842–1843 (posthumt).