Fort Rupert var et befestet handelsfaktori ved James Bay. Det ble anlagt i 1668 under navnet Fort Charles, to år før Hudson Bay-kompaniet ble opprettet.

Posten ble etablert av Médard des Groseilliers, som første europeiske bosetning i det nordlige Canada.^{[trenger referanse]} Faktoriet ble i 1670 Hudson Bay-kompaniets første handelsstasjon ved Hudson Bay.^{[trenger referanse]}

Fortet ble flyttet i 1681 til en sted som var bedre fra forsvarssynspunkt. Det ble erobret av franskmennene i 1686 og de gav det navnet Fort Saint-Jaques^[1]. To år etter forsøkte engelskmennene å gjenerobre fortet, men ble slått tilbake.

I 1776 kom engelskmennene kom tilbake og anla en ny handelsstasjon på stedet, kalt Rupert House eller Fort Rupert. Idag ligger det lille samfunnet Waskaganish der.^[2]