Navnet Fontenay er registrert i middelalderen som Fontanetum, som betyr «kilden», som kommer fra middelalderlatinskefontana («naturlig kilde»).
Kommunen er også kjent under navnene Fontenay-les-Bois (som betyr «Fontenay ved skogen»), Fontenay-sur-le-Bois (som betyr «Fontenay over skogen») og Fontenay-sous-Bois (som betyr «Fontenay under skogen»), men til slutt tidlig i det 19. århundre ble det siste det eneste brukte navnet. Skogen som refereres til i kommunens navn er Bois de Vincennes.
Historie
I 1929 tapte kommunen Fontenay-sous-Bois over en tredjedel av sitt område når Paris annekterte Bois de Vincennes hvor en stor del av tilhørte Fontenay-sous-Bois.
Fontenen «La fontaine des Rosettes» ble tapt under den andre verdenskrig. Flere år senere ble den ved en tilfeldighet funnet på et marked i Sør-Frankrike. Byen Fontenay-sous-Bois fikk den tilbake og satte den tilbake på sin plass hvor den står den dag i dag.
Jean-François Voguet, borgermester fra 2001 til 2014, beordret utkastelse av folk som bodde i et hus som tilhørte byen. Borgermesteren er nå en av de få PCF-borgermestere som praktiserer utkastelse av husokkupanter.