I 1986 tok hun jordmorutdanningen i Bergen, og i 2000 tok hun mastergrad i Public Health ved Nordic School of Public Health i Göteborg, hvor hun også disputerte for doktorgraden i Public Health (folkehelse) i 2006.[3]
I 2014 ble Ellen Blix ansatt som professor ved Høgskolen i Oslo og Akershus (fra 2018 Oslomet – storbyuniversitetet), og ble da Norges første jordmorprofessor.[4] Ansettelsen ble gjort i forbindelse med at jordmorutdanningen ved høgskolen ble omgjort fra en toårig videreutdanning til mastergradsutdanning.[5]