Wappers studerte første ved Koninklijke Academie voor Schone Kunsten van Antwerpen og reiste til Paris i 1826. I Paris var den romantiske kunsten på fremmarsj, og Wappers ble den første belgiske kunstneren som knyttet seg til retningen. Hans første romantiske verk gjorde suksess ved salongen i Brussel i 1830, og innebar en ny retning innen flamsk malerkunst. Han ble knyttet til hoffet og fikk prestisjefylte oppdrag. I 1832 ble han, av byen Antwerpen, utnevnt til professor i billedkunst, og gjorde ytterligere suksess på salongen i Antwerpen i 1834 med Scene fra den belgiske revolusjonen i 1830. Han ble hoffmaler for Leopold I av Belgia og fra 1839 direktør for Koninklijke Academie voor Schone Kunsten van Antwerpen.
Fra den franske kongen Louis Philippe fikk han i oppdrag å male et stort bilde til galleriene i Versailles. Forsvaret av Rhodos ved ridderne fra Johannesordenen av Jerusalem ble ferdigstilt i 1844, og ble belønnet med en barontittel. Som pensjonist bosatte Wappers seg i Paris i 1853.
