Dunkerque nevnes i historiske dokumenter fra 600-tallet, som fiskerbosted. Takket være byens gode beliggenhet ved det østre innløpet av Den engelske kanal vokste den raskt. I 960 hadde byen en bymur. I 1233 ble det bygget rådhus.
Viktig fiske var etter sild, senere også etter torsk utenfor Islands kyster.
Ellers vekslet byen mellom forskjellige makthavere. Befolkningen talte nederfrankisk eller nederlandsk dialekt, og var politisk tilhørende grevskapet Flandern og senere Huset Burgund, De spanske Nederlandene og England. Til sist ble byen den 27. oktober 1662 solgt for fem millioner livres av den engelske kong Karl II til den franske kong Ludvig XIV.[3] Deretter fikk byen sterke festningsverker.[4]. På 1600- og 1700-tallet var Dunkerque feste for franske korsarer. På 1800-tallet vokste byen til å ha Frankrikes tredje største havn.
Den mest kjente hendelsen i byens historie er den allierte tilbaketrekkingen i begynnelsen av andre verdenskrig da over 300 000 allierte soldater ble evakuert fra Dunkerque (og fra strendene ved byen) til Storbritannia, ved hjelp av Royal Navy og et stort antall småbåter (ned til under fem meter) som ble mobilisert for anledningen.
Turistattraksjoner
Musée Portuaire viser historiske bilder fra havnen.
Musée des Beaux-Arts har en stor samling av flamske, italienske og franske malerier og skulpturer.