Første gang Dipolog nevnes i skriftlige kilder var da den spanske provinsregjering av Misamis i 1834 innsatte en sivilregjering i området der byen nå ligger.[trenger referanse] I 1896 fikk den sin første katolske menighet, opprettet av fader Esteban Yepes. Stedet vokste ikke minst fra 1912 da den amerikanske kolonimakt styrt av general John J. Pershing, daværende guvernør av Mindanao og Sulu (Moro Province eleverte den til Regular Town og så den 1. juli 1913 gjorde Dipolog til en offisiell administrasjonenhet i provinsen Zamboanga.[trenger referanse]
I 1942, under andre verdenskrig, flyttet guvernør Felipe B. Azcuna regjeringssetet for provinsen fra Zamboanga til Dipolog. Det varte ikke i lang tid, men eleverte på nytt byens status.
Med Republic Act Nr. 711av 5. juni 1952 ble den tidligere provinsen som dekket hele Zamboangahalvøya delt i to. Dipolog ble da hovedstad for Zamboanga del Norte. Offisielt mottok Dipolog bystatusdokumentene den 1. januar 1970, undertegnet av president Ferdinand Marcos, med Rep. Act Nr. 5520.