Giroux gjorde sin debut for Flyers i februar 2008 og ble en fast spiller for klubben halvveis inn i 2008–09-sesongen. I 2011 overtok han rollen som senter på lagets førsterekke etter at klubben byttet Mike Richards og Jeff Carter. Giroux var klubbens poengkonge i både 2010–11 og 2011–12-sesongen, og var NHLs tredje beste poengplukker i 2012. I 2012-13-sesongen ble han utnevnt til lagkaptein.