Horners karriere i motorsport startet etter at han vant et Formel Renault-stipend i 1991. Han konkurrerte i det britiske Formel Renault-mesterskapet med Manor Motorsport i 1992, og hadde ved sesongslutt én løpsseier og var også den høyest plasserte nybegynneren. Han flyttet deretter opp til Britisk Formel 3, hvor han debuterte i 1994 for Fortec. Han gikk over til ADR-teamet i 1995, og videre igjen i 1996 til TOM'S. I 1996 kjørte han også i Britisk Formel 2.
Horner flyttet opp til Formel 3000 i 1997, og grunnla Arden-teamet. Han ble i F3000 i 1998, og fikk selskap i Arden av Kurt Mollekens. Han fant imidlertid ut at å drive et racingteam passet han bedre enn å kjøre, og han sluttet som aktiv racerfører etter sesongslutt.
Teamleder
I en alder av 25 år bestemte Horner seg for å fortsette med Arden-teamet i F3000 som eier, og signerte Viktor Maslov og Marc Goossens som førere for 1999-sesongen. Suksess viste seg imidlertid vanskelig å finne, og laget fikk ikke en eneste seier på sine første tre sesonger, selv med Darren Manning på laget i to sesonger.
Nye førere endret situasjonen for 2002, da Tomáš Enge og Björn Wirdheim ble hentet inn for å erstatte Manning og Maslov. Enge vant tittelen det året, men ble degradert til tredjeplass etter å ha testet positivt i en dopingtest, og tittelen gikk dermed til Sébastien Bourdais.
Wirdheim ble værende også i 2003, og Enge ble erstattet av Townsend Bell. Björn Wirdheim vant mesterskapet med en margin på 35 poeng til andreplasserte Ricardo Sperafico.
I 2004, som var den siste sesongen i F3000, ble mesterskapet dominert av Ardens hovedfører Vitantonio Liuzzi, og sammen med Robert Doornbos ble både fører- og konstruktørtittelen sikret med stor margin. På denne tid hadde Horner basert Arden International hos Prodrives lokaler i Banbury, før han flyttet laget til de tidligere 22 Motorsport-lokalene like ved.
I 2005 hentet Red Bull Racing Horner til Formel 1, hvor han var den yngste teamsjefen på den tid. For å feire teamets første pallplassering, ved Monacos Grand Prix i 2006 hoppet han ut i et svømmebasseng kun iført en Supermann-kappe. I 2009 kom de på en sterk andreplass i konstruktørmesterskapet med førerne Sebastian Vettel og Mark Webber på henholdsvis andre og fjerde i førermesterskapet. I 2010 vant teamet sitt første konstruktørmesterskap med et løp igjen, og Sebastian Vettel sikret førermesterskapet i sesongens siste løp.
Personlig liv
Horner ble utdannet ved Arnold Lodge School i Leamington og deretter Warwick School. Han har to brødre, Jamie og Guy. Han har en uoffisiell fanklubb kalt «The Christian Horner Fan Club», også kalt The Hornettes. Han bor i den lille landsbyen Marston St Lawerence i Northamptonshire, rundt 20 minutters kjøring fra Silverstone.