Han ble i 1867 sekretær og dragoman (tolk) ved det franske konsulat i Jerusalem. Clermont-Ganneau innla seg her stor fortjeneste ved å oppdage, utgi og tolke den berømte Mesa-innskriften fra Dhiban i Moabitterlandet; hans oversettelse (i Revue Archéologique 1870) var av høy kvalitet.
I 1871 oppdaget han i Jerusalem en advarselsinnskrift som hadde hengt på balustraden utenfor det andre tempelet i Jerusalem. Innskriften var på gammelgresk, og advarte hedninger mot å betre tempelgrunnen. Det stod at dersom de trosset forbudet og likevel gikk inn, ville de bli straffet med døden om de ble tatt. Tavlen som Clermont-Ganneau fant og oversatte, havnet senere i Istanbuls arkeologiske museum.
I 1873 ble han dragoman ved det franske gesandtskap i Konstantinopel. Gjentatte ganger ble han sendt til Syria og andre områder såvel av Frankrike som av England i vitenskapelige øyemed. På oppdrag av Palestine Exploration Fund i 1874 undersøkte han blant annet klippegraver rundt Jerusalem og likeså Paternosterkirken der, og gravde i Emmaus Nikopolis. I 1873/1874 identifiserte stedet for det bibelskeGezer, som han også utgravde. I 1880 ble han konsul i Jaffa. Han ledet også ekspedisjoner til Syria (1881), Kreta (1895) og Elephantine (1906 til 1908).
Charles-Simon Clermont-Ganneau påviste at alle de potteskår med moabittiske innskrifter som museet i Berlin hadde kjøpt, og hvis ekthet ble forfektet av tyske lærde, i realiteten var falske. Han utga i 1885 boken Les fraudes archéologiques en Palestine om dette.
I 1903 var Clermont-Ganneau sentral i teamet som undersøkte den såkalte Saitafernes tiara, som Louvre-museet hadde kjøpt for 200.000 francs. Museet stilte ut tiaraen som en antikk hodepryd. Dette var det mange som trakk i tvil, og ettersom diskusjonen om hvor tiaraen egentlig stammet fra gikk stadig høyere, besluttet den franske regjeringen å nedsette en kommisjon som skulle undersøke gjenstanden, og satte Clermont-Ganneau til å lede kommisjonen. Resultatet ble at tiaraen ble erklært for å være et moderne russisk fabrikat.
Blant Clermont-Ganneaus bokutgivelser kan nevne Album d'antiquités orientales fra 1897, og i 1888 startet han å gi ut Recueil d'archéologie orientale, der han dekket de nyeste oppdagelser, særlig de østerlandske innskrifter. Siden 1900 var han formann og leder for utgivelsen av Répertoire d'épigraphie sémitique. I det franske institutt fortsatte Clermont-Ganneau å (utgitte i Compte-Rendu); blant annet behandlet han papyrusene fra Elefantine.
Skrifter i utvalg
La Stele de Mesa, Roi de Moab. Paris 1870 (Digitalisat)
L'imagerie phénicienne et la mythologie iconologique chez les Grecs. Paris 1880 (Digitalisat)
^abEncyclopædia Britannica Online, oppført som Charles Clermont-Ganneau, Encyclopædia Britannica Online-ID biography/Charles-Clermont-Ganneau, besøkt 9. oktober 2017[Hentet fra Wikidata]
^abannuaire prosopographique: la France savante, oppført som Charles Clermont-ganneau, CTHS person-ID 108651, besøkt 9. oktober 2017[Hentet fra Wikidata]
^Proleksis Encyclopedia, Proleksis enciklopedija-ID 15600[Hentet fra Wikidata]
^abSocial Networks and Archival Context, SNAC Ark-ID w6904864, besøkt 9. oktober 2017[Hentet fra Wikidata]
^abBnFs generelle katalog, data.bnf.fr, besøkt 19. juni 2020[Hentet fra Wikidata]