Clos Gómez har ved et par tilfeller vært involvert i kontroversielle episoder, den første hvor han i midten av mars 2008 valgte å stoppe en seriekamp mellom Real Betis og Athletic Bilbao etter at Athletics målvakt Armando Riveiro ble truffet av en flaske i hodet kastet av en tilskuer.[4] Den andre kontroversielle episoden kom i august 2009, hvor han ble kritisert offentlig av Motherwells manager Jim Gannon for manglende kontroll etter en kamp mellom Motherwell FC og Steaua Bucureşti under tredje kvalifiseringsrunde av UEFA Europa League 2009/10.[5]