Han flyttet etter sin eldre bror, Johan Anton Lippestad, til Kristiania og tok først studier og arbeid innen handel. Han tok deretter pedagogisk utdannelse og ble med sin bror i arbeidet ved Institutt for aandelig abnorme piger Thorshaug fra 1878. Deres søster, Emma Hjorth, ble også med i arbeidet, samt søsteren Anne Helene. Ved skolen møtte Carl Thorvald Lippestad sin fremtidige kone, Gudrun Hildeborg Møller[2], som også arbeidede der.
Johan Anton Lippestad ble i 1904 direktør for abnormskolevæsenet i Norge (spesialskolene). Nils Jørgensen tok over som styrer ved Torshov skole, som nå var under statlig ledelse. Johan Anton Lippestad døde sommeren 1913. Carl Thorvald Lippestad arbeidet for vanskeligstilte barn selv etter at hans eldre bror sluttet som styrer ved Torshov skole. Etter sin brors død fikk han ferdigstilt Ullevålsveien skole, med Bredo Berntsen som arkitekt. Skolen er fortsatt i drift i Bolteløkka allé 8. Lippestad selv døde etter et magesår rett før åpning av skolen, bare uker etter sin eldre brors bortgang. Han etterlot seg sin kone Gudrun og fem barn.
