Carl Berner etablerte egen arkitektpraksis i Kristiania i 1902 og drev fra 1906 sammen med broren Jørgen i firmaet Berner & Berner. Brødrene stod på 1910- og 1920-tallet for en rekke offentlige bygg og private villaer i en historisme preget av nordiske byggetradisjoner med enkelte britiske islett. De synes lite påvirket av 1930-årenes funksjonalisme, men byggene kunne i likhet med mange av samtidens bygg være oppført f.eks. med skallmurer av betong som så er forblendet med andre materialer.
Carl Berner stod også for restaurering av en rekke kirker og har formgitt møbler med forbilder i norske tradisjoner. I tillegg var han en betydelig arkitekturskribent og var i 1911–19 redaktør for tidsskriftet Arkitektur og dekorativ kunst. Han var med og grunnla Det norske arkitektakademi (NAL-akademiet) i Kristiania, og han hadde en rekke sentrale verv i Fortidsminneforeningen.