Bubba Watson ble profesjonell i 2003, da han debuterte på Nationwide Tour. Der spilte han til 2005, da han ved å bli nummer 21 på pengelisten kvalifiserte seg til PGA-touren for sesongen 2006. Den langtslående Watson ledet allerede i sin første sesong statistikken for lengste utslag på touren.
Watson hadde en annenplass på touren både i 2007, 2008 og 2009, men det store gjennombruddet kom i 2010. Da kom den første seiren, i Travelers Championship. Han var også i ledelsen i major-turneringenPGA Championship, men tapte i omspill, og endte på annenplass. Watson kom også med på Ryder Cup-laget til USA.