Bongao er en kommune og småby på Filippinene som ligger i provinsen Tawi-Tawi i regionen Muslimsk Mindanao. Den er ett av to steder som pleier å angis som provinsens administrative hovedsete, det andre er Panglima Sugala. Den hadde 95 055 innbyggere ved folketellingen i 2007.
Kommunen er inndelt i 35 smådistrikter, barangayer, hvorav 7 er klassifiserte som urbane.[2]