Dr. Mary McLeod Bethune, selv uteksaminert fra Barber-Scotia College da det fremdeles het Scotia Seminary, grunnla i 1904The Daytona Educational and Industrial Training School for Negro Girls. I 1923 slo det seg sammen med The Cookman Institute of Jacksonville, Florida og ble en high school med blandede klasser. Et år etter, i 1924, ble det tilknyttet Metodistkirken. I 1931 var det blitt et junior college og tok da navnet Bethune-Cookman College. Det ble et 4-års college i 1941, og i 2007 tok det navnet Bethune-Cookman University.
Ved høyskolen var det 3 112 studenter og 189 vitenskapelig ansatte i 2006, og skolepengene var samme år US$ 11 792. Det gis eksamen opp til bachelorgradsnivå.
