I 2003 kritiserte han AKP for ikke å ha tatt oppgjør med sin fortid, særlig støtten til Pol Pots regime.[11][12] I etterkant av terrorangrepet mot regjeringskvartalet og Utøya 22. juli 2011 trakk Hagtvet en parallell mellom høyreterrorisme og venstrerrorisme ved å vise til at AKP (ml) angivelig var nær ved å takke ja til terrorbistand fra den tyske terrorgruppen Rote Armee Fraction (RAF).[13]. Tidligere leder i AKP (ml), Pål Steigan hevdet Hagtvets påstander var ren løgn og krevde bevis for påstandene. Hagtvet har også tatt til orde for å granske SVs historie, et parti han har kritisert for «ukritisk begeistring» for bestemte diktaturer, særlig DDR.[4]
I 2010 trakk han seg som foredragsholder under Bjørnsonfestivalen fordi festivalledelsen inviterte den svenske forfatteren Jan Myrdal, som Hagtvet betegnet som «folkemordsforsvarer og diktaturtilhenger».[14] I forbindelse med debatten da Peter Handke mottok Ibsenprisen for 2014 tok Hagtvet avstand fra utdelingen og sa at Handke i sin litteratur ga «legitimitet til en av etterkrigstidens verste regimer og forbrytere, Milosevics, Karadzic? og Mladics etnisk rensende stor-serbiske nasjonalisme».[15] Hagtvet innrømmet at han ikke hadde lest Handke, men henviste til Michael McDonalds artikkel «The Apologist» som han bygde sine anklager på.
Høsten 2016 blusset det opp en debatt omkring miljøet Nettverk for studier av totalitarisme (NEST), som Hagtvet er tilknyttet. Forfatteren Kjartan Fløgstad kritiserte NEST for å opptre som «tankepoliti» og ødelegge for den offentlige debatten med ukontrollerbare begreper som «de totalitære». Særlig demonstrerte den spanske borgerkrigen det problematiske med begrepsbruken, ifølge Fløgstad. Der var det den angivelige «totalitære» Sovjetunionen som støttet den demokratiske republikken, mens demokratiske land som USA, Storbritannia, Norge m.fl. offisielt førte en nøytralitetslinje, men som i praksis ofte endte med avgjørende støtte til Francos fascister.[16] De hjemvendte brigadistene, som hadde kjempet mot Franco, ble derimot ofte straffet. Mange av dem var kommunister. Dette er en av grunnene til at norske historikere i liten grad har beskjeftiget med den spanske borgerkrigen, poengterte Fløgstad.[16] Flere norske norske historikere støttet Fløgstads poeng.[17] Hagtvet avviste Fløgstads kritikk og nektet å gå inn i noen polemikk fordi han betraktet ham som «en ren klovn i politiske og historiske spørsmål».[16]
Fra 2007 arrangerte Hagtvet, sammen med Anders Ravik Jupskås, jevnlige debattmøter («frokostmøter»), kalt «Frokost med Bernt»,[18] ved Det samfunnsvitenskapelige fakultet ved UiO.
1993 - FAFO-prisen for sitt arbeid knyttet til Stein Rokkan (1993)
2002 - Fangenes Testamente for sitt arbeid for å spre opplysning om folkemord og andre forbrytelser mot menneskeheten.[20] Prisen deles ut av Aktive fredsreiser i samarbeider med Institutt for fredsforskning.
2006 - Humanistprisen "for hans klare markering av en humanistisk posisjon i spørsmål som gjelder demokrati, menneskerettigheter, ånds- og ytringsfrihet og likeverd for mennesker av ulik tro og kulturbakgrunn».[21]
Hvor gjerne vilde jeg have været i Deres sted- : Bjørnstjerne Bjørnson, de intellektuelle og Dreyfus-saken, Oslo: Forum Aschehoug, 1998; ISBN 82-03-29091-4
Den norske nasjonalsosialismen: Nasjonal Samling 1933–1945 i tekst og bilder (med Hans Fredrik Dahl og Guri Hjeltnes), Oslo: Pax, 1995 [3. utg.]; ISBN 82-530-1487-2
Politikk mellom økonomi og kultur: Stein Rokkan som politisk sosiolog og forskningsinspirator (redaktør), Oslo: Ad Notam Gyldendal, 1992; ISBN 82-417-0124-1
Menneskerettighetene som forskningstema og politisk utfordring: internasjonale perspektiver (redaktør), Oslo: Ad Notam, 1988; ISBN 82-417-0000-8
Who were the fascists: social roots of European fascism (redaktør med Stein Ugelvik Larsen og Jan Petter Myklebust. Bergen: Universitetsforlaget, 1980
^abPortrettintervju i Dagsavisen 27.11.2010 s.32–33
^Bernt Hagtvet, "Bernt Hagtvet møter Hannah Arendt: Et stykke Weimar på Riverside Drive. Hannah Arendt og totalitarianismen. Et personlig erindringsbilde fra 1972", Kvinneforskning, 4, 2002
^«- Uverdige lønnsvilkår». Forskerforum. 2. januar 2017.
^«Kva vil koma etter Sanders på amerikansk venstreside?». Dag og Tid. 12. august 2016.