Nijhuis startet som fotballdommer i en alder av 15 år.[1] Han fikk sin debut i den nederlandske toppdivisjonen Eredivisie den 12. mars 2005, som var en seriekamp mellom SC Heerenveen og RKC Waalwijk.[2] I 2007 ble han utnevnt til FIFA-dommer, og ble tildelt kamper på gruppespillnivå både i Mesterligaen og UEFA-cupen. I 2009 var Nijhuis en av seks dommere som dømte under Europamesterskapet for U-19 i Ukraina og Polen. I 2011 ble han også valgt ut til å dømme kamper i Verdensmesterskapet for U-17 i Mexico.
I desember 2011 var Nijhuis innblandet i en kontroversiell episode da han under andre runde av KNVB-cupen mellom AZ Alkmaar og Ajax Amsterdam valgte å utvise AZ-målvakten Esteban Alvarado. Alvarado ble angrepet av en Ajax-tilhenger som stormet banen på Amsterdam Arena, noe som førte til at Alvarado gikk til motangrep i påstått selvforsvar, og dermed påførte vedkommende flere spark. Nijhuis' avgjørelse om å vise ut Alvarado førte til at AZ Alkmaars manager Gertjan Verbeek valgte å ta laget av banen og avlyse kampen i protest mot avgjørelsen.[3]