I begynnelsen av 2009 ble Stanford utsatt for flere etterforskninger av mulig svindel, og 17. februar 2009 ble det tatt ut tiltale mot ham. Selv hevdet Stanford at han led av hukommelsestap etter å ha fått hodeskader i en slåsskamp i fengselet i 2010.[2]
I juni 2012 ble han dømt til 110 års fengsel for investeringsbedrageri av 7 milliarder dollar, samt til å betale 5,9 milliard dollar i erstatning til investorene han hadde bedratt.[3]
