I årene 1651-53 var Sidney medlem av statsrådet, trakk seg derpå, av misnøye med Oliver Cromwells politikk, tilbake til privatlivet, men ble i 1659 atter medlem av statsrådet.[trenger referanse]
Han ble samme år sendt for å megle mellom Sverige og Danmark ved Karl X Gustavs andre danske krig. Han var derpå en kort tid 1660 britisk sendemann i Stockholm, og begav seg etter underrettelse om restaurasjonen på utenriksreiser og var i lenge tider i Roma, Brussel og Paris, mens han arbeidet mot Karl IIs regjering. Han fikk i 1677 tillatelse til å vende tilbake til England, knyttet forbindelser til Underhusets opposisjonsparti og prøvde flere ganger forgjeves å vinne et parlamentsmandat.
I 1682 kom han i forbindelse med hertugen av Moumouth og forfekterne av dennes tronfølgerkrav. Ved oppdagelsen av det såkalte Rye House-komplottet ble Sidney, skjønt han helt sikkert ikke var involvert i dette mordkomplott, arrestert (juni 1683) og anklaget for delaktighet i sammensvergelse mot kongens liv.[trenger referanse] Etter en særdeles partisk ledet rettergang,[trenger referanse] der noen av Sidneys private nedtegnelser, som vitnet om hans republikanske tenkemåte, fikk tjene som bevis, ble han den 26. november dømt til døden. Dommeren var beryktet, dommer Jeffreys.[trenger referanse] Sydney ble henrettet ved hengning, trekking og kvartering, en straff som var foreskrevet for de som ble dømt for høyforræderi.
Hans skriftlige arbeider er blitt utgitt posthumt i flere runder, som eksempel Discourses Concerning Government hvori han forfekter folkestyre på naturrettens og folkesuverenitetens grunn.[trenger referanse]
George W. Meadley: Memoirs of Algernon Sidney. London, Cradock and Joy 1813.
Alex. Charles Ewald: The Life and times of the Hon. Algernon Sidney. 1622–1683. 2 Bde., Tinsley Brothers, London 1873.
Gertrude M. Ireland Blackburne: Algernon Sidney. A Review. Kegan Paul – Trench, London 1885.
James R. Jones: The First Whigs. The Politics of the Exclusion Crisis 1678–1683. Oxford University Press, London [u. a.] 1961.
James Conniff: Reason and History in Early Whig Thought. The Case of Algernon Sidney. In: Journal of the History of Ideas. Band 43, 1982, ISSN 0022-5037, S. 397–416.
Blair Wordon: The Commonwealth Kidney of Algernon Sidney. In: The Journal of British Studies/The Historical Journal. Band 24, 1985, No. 1, ISSN 0018-246X, S. 1–40.
J. G. A. Pocock: England’s Cato. The virtues and fortunes of Algernon Sidney. In: The Historical Journal. Band 37, 1994, No. 4, ISSN 0018-246X, S. 915–935.
John Carswell: The porcupine. The life of Algernon Sidney. John Murray, London 1989, ISBN 0-7195-4684-2.
Jonathan Scott: Algernon Sidney and the Restoration Crisis. 1677–1683. Cambridge University Press, Cambridge [u. a.] 1991, ISBN 0-521-35291-6.
Alan Craig Houston: Algernon Sidney and the Republican Heritage in England and America. Princeton University Press, Princeton NJ 1991, ISBN 0-691-07860-2.
Scott A. Nelson: The discourses of Algernon Sidney. Fairleigh Dickinson Univ. Press, Rutherford [u. a.] 1993, ISBN 0-8386-3438-9.
George Van Santvoord: Life Of Algernon Sidney. With Sketches Of Some Of His Contemporaries And Extracts From His Correspondence And Political Writings. Gardners Books, Eastbourne 2007, ISBN 978-0-548-15105-1.