Mendes starta karrieren sin i heimklubben S.C. Vianense i 1995. Allereie før han starta å spela for eit fyrstelag, hadde han skifta klubb to gonger, fyrst til Ancora Praia, deretter til S.C. Braga. Sistnemnte spelte han for fram til 2002, då han vart kjøpt opp av Benfica og spelte for dei i to år.
I 2004 gjekk han over i utanlandsk fotball då han vart kjøpt opp av engelske Chelsea. I 2005 gjekk han vidare til franske Lyon, og i 2007 vart han kjøpt opp av Juventus, som han framleis offisielt spelar for. 8. januar 2010 signerte han ein lånekontrakt med Atletico Madrid som varer ut sesongen.
