Halonen vart fødd i arbeidardistriktet Berghäll (finskKallio) i Helsingfors. Ho tok jussutdanning ved Universitetet i Helsingfors (Helsingin yliopisto) og engasjerte seg samstundes i det nasjonale studentlaget. I 1970 vart ho tilsett som advokat for hovudorganisasjonen for finske fagforeiningar, SAK, og i 1971 gjekk ho inn i det sosialdemokratiske partiet. Ho var medlem i den finske Riksdagen frå 1979 til ho vart president. Halonen har også hatt tre ulike ministerpostar, helseminister (1987–1990), justisminister (1990–1991) og utanriksminister (1995–2000).