Markermeer er ein 700 km² stor innsjø sentralt i Nederland mellom Noord-Holland og Flevoland og like sør for den større IJsselmeer. Han er ein grunn innsjø og er berre 3-4 meter djup og er kalla opp etter den tidlegare øya, i dag halvøya, Marken som stikk ut i innsjøen.
Det var opphavleg ikkje meininga at Markermeer skulle vere ein innsjø. Han var tidlegare ein del av Zuiderzee, ei bukt i Nordsjøen som vart demd opp av Afsluitdijk i 1932, slik at Zuiderzee vart til ferskvasssjøen IJsselmeer. Dei neste åra vart store område som tidlegare var ein del av Zuidersee omgjort til store polderar i det omfattande Zuiderzeeprosjektet. Ein av desse polderane, Markerwaard, skulle dekkje område der Markermeer i dag ligg og som ein del av dette prosjektet vart derfor Houtribdijk, òg kalla Markerwaarddijk, bygd i 1976. Denne dika delte hydrologisk IJsselmeer i to og den sørlege delen av Markermeer.
På grunn av endringar i planane og tvil om det ville svare seg økonomisk og tørrleggje Markermeer, vart Makerwaard-prosjektet utsett til 1980-åra og Markermeer har sidan den gong vorte økologisk verdifull og eit nytt friluftsområde.
Markermeer vert i dag nytta som eit ferskvassreservoar og ein buffersone mot flaum og tørke. I 2003 vart Nederland råka av tørke og fleire torvdiker stod i fare for å kollapse ved at dei tørka ut. Nederlendingane reverserte då vasstraumen i Amsterdam-området slik at vatnet frå Markermeer hjelpte dei truga områda.