Elva vart først nemnd i 834 og den tidlegare kommunen Jona vart kalla opp etter elva mykje seinare. Ein trur at namnet kan ha anten keltisk opphav frå Jauna (den kalde), eller frå indo-europeiskyamam, som tyder «straum».[2]
I mellomalderen vart det sett opp mange vassmøller langs den vesle elva og var viktig for industrialiseringa av Wald, Rüti og Rapperswil-Jona på 1800-talet.