Den 1. januar 1867[3] blei «Sandø» (Sandøy) skild ut som eigen kommune.
I 1924 blei resten av kommunen delt i Nord-Aukra, som bestod av Gossa og fastlandsdelen, og Sør-Aukra, som bestod av Otrøya og ein del av Midøya i det som no er Midsund kommune.
Aukra fekk noverande grenser ved avståing av Mordal krins til Molde 1. januar 1964. Kommunen har heitt Aukra sidan 1. januar 1965, samtidig som Sør-Aukra blei slått saman med resten av Midøya og Dryna frå Vatne kommune og bytte namn til Midsund.
Namnet Aukra, som er unikt i Noreg, kjem truleg frå Aukrin, ei samansetting av akr og vin: åker og eng. Frå 1600-talet til 1917 blei namnet feilskrive med endinga -ø(e) («Akerø»).
aTalet omfattar området Mordal, som var del av gamle Nord-Aukra kommune fram til 1964, då det vart del av Molde kommune. Dette området hadde då 77 innbyggjarar.