In 1867 keerde hij terug naar Zwitserland en werkte hij in het laboratorium van Auguste Arthur de la Rive, waar hij experimenteerde met elektrische ontladingen in verdunde gassen.
Ook in 1867 trouwde hij met Alberte-Emma Diodati. Ze kregen drie dochters en een zoon Charles Sarasin (1870 – 1933), die professor werd in de geologie en vanaf 1920 beroepsmilitair werd.[2]
In 1869 werd hij redacteur en na de dood van Soret van 1890 tot 1915 hoofdredacteur van de Archives des sciences physiques et naturelles in Genève. Van 1911 tot 1916 was hij centrale voorzitter van de Schweizer Naturforschenden Gesellschaft.