De hoofdstad was Amsterdam, dat wil zeggen dat de prefectuur aldaar gevestigd was. Het departement zelf was onderverdeeld in de volgende arrondissementen en kantons:
Sous-prefect van Hoorn was Henri Cabasius, op 21 augustus 1811 opgevolgd door jhr. mr. Gijsbert Fontein Verschui(e)r, die op 20 november 1811 werd opgevolgd door Edgard Jacques Rutger Mollerus.
Het Zuiderzeedepartement had in 1811 de departementale postcode 118. Brieven uit Amsterdam kregen het stempel Amsterdam 118.
Bij de volkstelling (census) van 1812 had het departement Zuiderzee 507500 inwoners
Vanaf 1811 verscheen als officiële publicatie van het departement Zuiderzee het "Staatkundig dagblad van het Departement der Zuiderzee / Feuille politique du département du Zuyderzée". Dit dagblad was een voortzetting van de eerder uitgegeven "Courrier d' Amsterdam / Courrier van Amsterdam". Toen de Franse bezetting haar einde naderde (1813) veranderde de krant van naam. Zij verscheen toen als "Staatkundig dagblad van de Zuiderzee".