Het seizoen 1998/99 van de zaterdag Hoofdklasse A ging van start op 5 september 1998. De laatste speelronde was op 8 mei 1999. De zaterdag Hoofdklasse A is een van de zes hoogste voetbalcompetities in Nederland uitgeoefend door amateurs. De titelhouder van het vorige seizoen (1997/98) was SV ARC.
Doordat VV SHO en SV Marken beide op 29 punten eindigde, doelsaldo niet doorslaggevend was en er slechts een van de twee clubs rechtstreeks zou degraderen, moest er een beslissingswedstrijd gespeeld worden.
De verliezer zou rechtstreeks degraderen, terwijl de winnaar nacompetitie moest spelen om degradatie te ontlopen.
De wedstrijd werd uiteindelijk gewonnen door VV SHO. In de nacompetitie wist VV SHO ook te overleven waardoor het in het volgende seizoen wederom in de Hoofdklasse zou uitkomen.