Gott arriveerde in 1939 in Egypte met als rang luitenant-kolonel en voerde het bevel over het 1ste Bataljon van de King’s Royal Rifle Corps. Hij was achtereenvolgens General Staff Officer, Grade I (rang luitenant-kolonel), bevelhebber van de Support Group (brigadier) en commanding officer (generaal-majoor) van de beroemde 7th Armoured Division (de Desert Rats). Aan het begin van 1942 werd Gott bevorderd tot luitenant-generaal en het bevel gegeven over de XIII Corps en hij leidde die formatie tijdens de Slag bij Gazala en de Eerste Slag bij El Alamein. Hij was een man met een agressieve persoonlijkheid, was makkelijk in de omgang en was populair onder zijn soldaten.
In augustus 1942 verwijderde premier Winston Churchill generaal Claude Auchinleck als opperbevelhebber van het Midden-Oosten en General Officer Commanding van het Achtste Leger, Gott’s agressiviteit en ietwat onstuimige persoonlijkheid sprak Churchill aan en Gott werd gekozen om het Achtste Leger te gaan leiden.
Nog voordat hij op zijn post kon beginnen kwam Gott om toen hij in een transportvliegtuig Bristol Bombay zat toen dat neergehaald werd door de Duitse vlieg-aas Emil Clade. Gott werd vervangen door luitenant-generaal Bernard Montgomery.