Ndidi kwam in Nigeria uit voor Nath Boys FC en is jeugdinternational. Na een proefperiode in januari 2014 werd hij in januari 2015 door Genk vastgelegd.[1][2] Op 31 januari 2015 maakte hij zijn debuut in het eerste elftal van KRC Genk. Hij zou in zijn eerste seizoen bij Genk tot zes wedstrijden komen. Een seizoen later werd hij een vaste waarde op het middenveld samen met Alejandro Pozuelo. Zijn doelpunt tegen Club Brugge werd verkozen tot Doelpunt van het Jaar. Hij kwam tot 83 wedstrijden en zeven goals in ruim twee jaar in België.
Leicester City
In de winter van 2016 verruilde hij KRC Genk voor de Engelse landskampioen Leicester City dat een bedrag rond de 20 miljoen euro voor hem neertelde. Op 7 januari maakte hij in de FA Cup tegen Everton zijn debuut voor de club. Een week later maakte hij tegen Chelsea ook zijn debuut in de Premier League. Op 22 februari maakte hij in de achtste finale tegen Sevilla zijn debuut in de Champions League. Leicester versloeg de Spanjaarden over twee wedstrijden, maar werd daarna in de kwartfinale uitgeschakeld door Atlético Madrid. Op 1 april scoorde Ndidi tegen Stoke City zijn eerste doelpunt voor Leicester. Hij speelde in het seizoen 2016/17 in totaal 5290 minuten (in 61 wedstrijden)[3] en eindigde daarmee als tweede achter Antoine Griezmann.
Ook in zijn tweede seizoen was Ndidi onbetwist basisspeler, hij speelde 38 wedstrijden in alle competities. In zijn derde jaar bij Leicester miste hij geen enkele competitiewedstrijd. In het seizoen 2020/21 speelde Ndidi alle FA Cup-wedstrijden richting de finale. Deze werd met 1-0 gewonnen van Chelsea, waardoor Leicester deze voor het eerst in de clubgeschiedenis won. Ndidi speelde de hele wedstrijd mee.
Op 7 augustus 2021 speelde hij ook de hele wedstrijd mee tijdens de strijd om de Community Shield, die met 1-0 gewonnen werd van Manchester City. Begin maart 2022 raakte Ndidi geblesseerd aan zijn knie, waardoor hij de rest van het seizoen moest missen, waaronder de halve finale van de Europa League, waarin AS Roma te sterk bleek. Aan het begin van het volgende seizoen was Ndidi weer hersteld, maar dat jaar degradeerde Leicester uit de Premier League. Het jaar erop werd Ndidi met Leicester kampioen van de EFL Championship en hij had daar met vier goals en vijf assists in 31 competitiewedstrijden een groot aandeel in.
Ndidi werd voor het eerst opgeroepen voor het Nigeriaans voetbalelftal voor oefenwedstrijden tegen Congo-Kinshasa en Kameroen op 8 en 11 oktober 2015. Ndidi maakte zijn debuut in de wedstrijd tegen Congo-Kinshasa, waar hij in de 83e minuut mocht invallen voor Ogenyi Onazi. Enkele dagen later, tegen Kameroen, mocht hij in de 63e minuut invallen voor John Obi Mikel. Nididi was basisspeler voor Nigeria op het WK 2018 en het Afrikaans kampioenschap 2019.