De vlag van Zoeterwoude is in 1968 vastgesteld als de gemeentelijke vlag van de Zuid-HollandsegemeenteZoeterwoude. De beschrijving luidt:
Een blauw veld met daarin opgenomen de klaverbladen uit het wapen in gele kleur.
De vlag werd ontworpen door de Hoge Raad van Adel en bestaat uit een blauwe achtergrond met drie gele klaverblaadjes waarvan de stelen naar boven zijn gekeerd. Op de gekruiste takjes na is de vlag gelijk aan het gemeentewapen.
