De vlag van Midwoud is op 25 mei 1955 vastgesteld als de gemeentelijke vlag van de Noord-HollandsegemeenteMidwoud. De vlag kan als volgt worden beschreven:
Twee banen van gelijke lengte van geel en blauw.
De kleuren van de vlag zijn ontleend aan het gemeentewapen.
Het gemeentelijk dundoek bleef tot 1 januari 1979 in gebruik, op die dag is de gemeente opgegaan in de gemeente Noorder-Koggenland. Sinds 2007 valt het gebied onder het bestuur van Medemblik.