De vlag van Anjouan werd aangenomen in 2012.^[1] De vlag bestaat uit een rood veld met in het midden een witte wassende maan en vier witte sterren.

• 
  Vlag van het Sultanaat Ndzuwani
  (voor 1833)
• 
  Vlag van het Sultanaat Ndzuwani
  (1833-ca. 1850)
• 
  Vlag van het Sultanaat Ndzuwani
  (ca. 1850)
• 
  Vlag van het Sultanaat Ndzuwani (ca. 1850-1893), separatistische vlag en later officiële vlag (1997-2012)