De vlag is gebaseerd op het logo van het waterschap en op het logo van de Unie van Waterschappen, en is bedoeld om de functie ervan te verbeelden: waterzuivering. De vlag is ontworpen door het reclamebureau.
Opmerking: het Zuiveringsschap Amstel- en Gooiland van Gent voerde geen wapen.
Vanaf 1997 is de vlag niet langer als de vlag van deze waterschap in gebruik omdat het Zuiveringsschap Amstel- en Gooiland in het nieuwe waterschap Amstel, Gooi en Vecht op is gegaan.
