Al in de tiende eeuw stond op deze plek een versterkt benedictijnenklooster. Het klooster is in de loop van de geschiedenis overgedragen aan de Hospitaalridders. Tussen de 15e en de 17e eeuw werd het klooster grondig verbouwd. Later in de 18e eeuw heeft Giovanni Battista Piranesi de laatste grote verbouwing vormgegeven, met name de kerk heeft onder zijn leiding de huidige vorm gekregen. In 1869 werd de villa extraterritorialiteit toegekend door Italië.
Trivia
De Villa Malta is bij toeristen vooral bekend vanwege het sleutelgat in de poort, waardoor de koepel van de Sint-Pietersbasiliek zichtbaar is.
Galerij
Het uitzicht door het sleutelgat op de Sint-Pietersbasiliek