Townes Van Zandt is de zoon van Harris Williams Van Zandt (1913–1966) en Dorothy Townes (1919–1983). Hij had een broer en een zus, Bill en Donna. Townes kreeg een gitaar van zijn vader toen hij twaalf was. Hij was een prima leerling en actieve sporter. Hij scoorde hoog op IQ-tests en ging naar een internaat. Het gezin moest vaak reizen, omdat zijn vader bedrijfsjurist was. In 1962 begon Townes aan de universiteit, maar in het tweede jaar haalden zijn ouders hem er af uit bezorgdheid om zijn alcoholgebruik en depressieve periodes.
Op zijn negentiende werd een bipolaire stoornis (manisch-depressieve stoornis) bij hem vastgesteld. Daarop onderging hij drie maanden insulineshocktherapie. Hierdoor verloor hij een groot deel van zijn langetermijngeheugen. Zijn moeder zou later vertellen dat ze spijt had die therapie te hebben toegestaan. Als jonge twintiger wilde hij bij de luchtmacht, maar werd geweigerd door zijn aandoening en "sociaal onaangepast gedrag". Niet lang daarna stopte hij met school en besloot singer-songwriter te worden.
Muzikale carrière
Tijdens zijn leven had Townes Van Zandt een kleine, maar toegewijde groep fans. Hij slaagde er echter nooit in om door te breken en kon zijn opnames slechts met veel moeite op de markt brengen. Dat Willie Nelson en Merle Haggard in 1983 een hit scoorden met hun cover van Van Zandts "Pancho and Lefty", zes jaar nadat Emmylou Harris haar cover van dat nummer had uitgebracht, kon het tij niet keren. Van Zandt leefde doorgaans in goedkope motels, bij vrienden of in blokhutten en leed aan een drugs- en alcoholverslaving. In de jaren 2000 groeide de interesse in het werk van Van Zandt en verschenen er twee boeken, een documentaire en een aantal tijdschriftartikelen over de zanger.
Levenseinde
Zijn laatste concert was in The Borderline in Soho, Londen op 3 december 1996. De dag ervoor was de laatste keer dat hij zijn nieuwe liefde, Claudia Winterer, zag, in Frankfurt.
Townes Van Zandt stierf op Nieuwjaarsdag1997, precies 44 jaar na de dood van zijn grote idool Hank Williams. Hij werd 52 jaar oud. De doodsoorzaak was - volgens het autopsierapport - een hartritmestoornis veroorzaakt door gezondheidsproblemen als gevolg van drugsgebruik. De dag ervoor was Townes nog geopereerd aan zijn nek na een val van de trap in zijn huis, tien dagen eerder. Ook na die val wilde Townes doorgaan met de geplande opnames van nieuw werk.
Toen Townes op 1 januari thuis onwel werd, probeerde Jeanene Munsell, zijn derde echtgenote, hem te reanimeren. In het ziekenhuis werd met een defibrillator nog een flauwe hartslag bereikt, maar Townes haalde het uiteindelijk niet. De begrafenis was op 5 januari in Belmont Church in Nashville. Bij de dienst waren veel oude vrienden, sommigen speelden zijn nummers. Zijn as werd voor de helft aan zijn echtgenote en kinderen gegeven. De andere helft werd bijgezet in het familiegraf op Dido Cemetry. Op zijn grafsteen staat "To Live's To Fly".