Van Gilse zag parallellen met de moderne tijd. Toen Thijl op 29 november 1940 voltooid werd, was Nederland al ruim een half jaar verwikkeld in de Duitse bezetting. Hij droeg de opera op aan ‘de strijders voor recht en vrijheid’. Kort voor zijn overlijden in 1944 liet hij daaraan toevoegen: 'en aan mijn jongens die voor dit recht hun leven lieten' (zijn zoons Mik en Janric die als verzetsstrijders om het leven kwamen).
Leeswaarschuwing: Onderstaande tekst bevat details over de inhoud of de afloop van het verhaal.
Proloog
Van twee kinderen wordt de geboorte bekendgemaakt door Katelijne en 'De Uil' met een voorspelling over hun toekomst. Phillipus zal koning van Spanje worden en onheil brengen, Thijl, een kind van 'oermoeder zon', zal uitgroeien tot de ziel van Vlaanderland.
1e bedrijf
De Tachtigjarige Oorlog is begonnen. Op de markt in het Vlaamse stadje Damme zingt Thijl een spotlied over twee vechtende snoeken, waarmee hij doelt op de meedogenloze koning Philippus van Spanje en de paus van Rome. De visverkoper Judocus probeert Nele, Thijls geliefde, tegen hem op te zetten door te suggereren dat Thijl is meegegaan met een schone dame uit Dudzele. Nele zingt "Bedroefde herteken, wat moet ghij lijden", maar als Thijl terugkomt betuigen ze elkaar hun trouw. Judocus verraadt Thijl wegens zijn spotlied aan de Spaanse vijand, maar hij weet te ontsnappen aan de 'serjanten' die hem komen arresteren. Daarna wordt zijn vader Klaas de Kolendrager gearresteerd en op de brandstapel ter dood gebracht. Klaas' vrouw Soetkin en Nele blijven rouwend achter.
2e bedrijf
De 'balladenzanger' zingt een droevig lied. Thijl komt terug, wil zijn vader wreken en gaat in het verzet, omdat daden meer uithalen dan de woorden van een potsenmaker. Hij wil de Spaanse bezetters verjagen, Vlaanderen roem bezorgen en godsdienstvrijheid brengen voor iedereen. Met zijn makker Lamme Goedzak raakt hij in een kroeg in gevecht met verraders en collaborateurs. Thijl en zijn aanhangers winnen die strijd en trekken onder het zingen van het krijgshaftige geuzenlied"Slaat op den trommele, diredomdeine" verder om de stad Gorkum te bevrijden.
3e bedrijf
Als dat gelukt is sluit Thijl zich aan bij geuzenleiderLumey. Hij levert hem de verrader Judocus uit, die door Lumey veroordeeld wordt tot de galg. Lumey wil ook de monniken die Thijl als krijgsgevangenen heeft meegenomen, laten ophangen omdat hij een afkeer heeft van hun katholicisme en hen beschouwt als moordenaars. Thijl, voorvechter van de godsdienstvrijheid, verzet zich daar fel tegen met de herhaalde kreet "Soldatenwoord is gulden woord", omdat hij zijn woord gegeven heeft om hen in leven te laten. Lumey kent geen genade en gelast ook de ophanging van Thijl om zijn principiële halsstarrigheid. Dan komt Nele tussenbeide, die naar Gorkum is gesneld om haar geliefde terug naar Vlaanderen te halen. Ze overtuigt Lumey ervan dat hij hem moet sparen. Toch valt Thijl plotseling dood neer. Het volk is hevig ontzet en ziet alle hoop vervlogen. De Treurmuziek bij den dood van Uilenspiegel die dan klinkt, is het enige onderdeel van de opera dat als zelfstandig orkestwerk weleens wordt uitgevoerd.
Epiloog
Nele blijft treuren bij het lijk. Zij herhaalt de klaagzang "Bedroefde herteken, wat moet ghij lijden" op omfloerste toon, een van de muzikale hoogtepunten van de opera. De volgende ochtend verschijnt de grafdelver, maar opeens komt Thijl weer tot leven. Hij roept zichzelf uit tot de ziel van Vlaanderland. "Slapen kan Vlaanderen, sterven kan het niet. Zo zal Thijl ook lente na lente zien en leven - omdat Vrijheid eeuwig leeft".
Stevenijne, waardin van de herberg 'In den Regenboog'
alt
Gilline, deerne in de herberg
sopraan
Gena, deerne in de herberg
sopraan
Greta, deerne in de herberg
sopraan
Margot, deerne in de herberg
alt
Mariëtta, deerne in de herberg
alt
Eerste koopvrouw
sopraan
Tweede koopvrouw
sopraan
Een visvrouw
sopraan
Een boerin
sopraan of alt
De Uil
spreekrol
Twee vrouwenstemmen in het orkest
sopraan
Vier Kortrijkse stadsserjanten
twee tenoren, twee bassen
Zes beenhouwers
bassen
Zes monniken
bassen
Koor: mannen, vrouwen en kinderen uit het volk, geuzen en landsknechten.
Uit- en opvoeringen
Van Gilse heeft Thijl nooit zelf kunnen zien. Van de Duitse bezetters, tegen wie hij zich fel gekeerd had, mocht zijn werk niet gespeeld worden en een opvoering was ondenkbaar.
In de eerste naoorlogse jaren werd, onder meer door Karel Mengelberg, vergeefs geprobeerd de opera te laten opvoeren.
↑Over de ontstaansgeschiedenis: Hans van Dijk, Jan van Gilse. Strijder en idealist. Uitg. Frits Knuf, Buren, 1988. Hoofdstuk VIII 'Vive le Geus' is nu de leus, p. 253-282.
↑Oorspronkelijke Franse titel: La légende et les aventures héroiques, joyeuses et glorieuses d'Ulenspiegel et de Lamme Goedzak au pays de Flandres et ailleurs (1887). Van Gilse en Lindt baseerden zich op de Nederlandse vertaling door René Declercq.