Bovens was vanaf 1 oktober 2011 commissaris van de Koningin resp. Koning in de provincieLimburg.[2][6] In Limburg zelf wordt de titel gouverneur nog gebezigd. Op 9 april 2021 heeft Bovens zijn ontslag als commissaris van de Koning aangekondigd nadat diezelfde dag alle vijf gedeputeerden datzelfde hadden gedaan in het debat over de integriteitsaffaire rond oud-CDA-gedeputeerde Herman Vrehen en de stichting Instandhouding Kleine Landschapselementen in Limburg (IKL). Bovens had de Provinciale Staten verkeerd geïnformeerd over de zaak. Hij ontkende initieel dat hij van het schandaal wist voordat de zaak in de openbaarheid kwam. Maar uit documenten van de provincie bleek dat Bovens een week eerder al van de zaak op de hoogte was. Bovens verwierp de beschuldiging.[7]
In zijn verklaring op 9 april 2021[4] aan Provinciale Staten gaf Bovens in een reactie op kritiek aan dat hij niet te afwachtend was opgetreden, maar uit zorgvuldigheid eerst de resultaten van onderzoeken te willen afwachten voordat hij een oordeel kon geven over de impact van deze kwestie voor de Provincie Limburg. Bovens werd per 19 april 2021 eervol ontslag verleend.[5] Bij zijn afscheid sprak minister Kajsa Ollongren van Binnenlandse Zaken Bovens toe.[8] Namens de Kring van Commissarissen van de Koning deelde de Groningse commissaris van de Koning René Paas de ervaringen met Bovens binnen de Kring en ging daarbij onder andere in op het thema integriteit.[9] Van de Provincie Limburg ontving hij de Provinciale Erepenning.[10][11]