Punten werden toegekend aan alle crossers die in aanmerking kwamen voor Superprestige-punten. De top vijftien ontving punten aan de hand van de volgende tabel:
Puntenverdeling
Positie
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
Punten
15
14
13
12
11
10
9
8
7
6
5
4
3
2
1
Aan de hand van de gewonnen punten in de acht wedstrijden werd voor elke categorie een eindklassement opgemaakt. De veldrijder met het hoogste aantal punten werd als laureaat van de Nissan Superprestige Topsport Vlaanderen Trofee uitgeroepen.
In het klassement van de Superprestige Topsport Vlaanderen Trofee voor beloften en juniores telden alle wedstrijden mee voor het klassement. Voor het eindklassement werd rekening gehouden met de zeven beste uitslagen.
De veldrijder met het hoogste aantal punten in zijn klassement werd als winnaar van de Superprestige uitgeroepen.[a]
↑De deelnemers hadden niet de verplichting om aan alle wedstrijden van de Superprestige deel te nemen. Indien bij het opmaken van het eindklassement meerdere renners met eenzelfde aantal punten zouden eindigen, werd voorrang gegeven aan de renner die in de meeste wedstrijden van de Superprestige van start gegaan was. Indien aansluitend nog renners op gelijk puntenniveau stonden, werd het voordeel gegeven aan de renner met de meeste overwinningen in de crossen van de Superprestige. Indien deze factor niet kon meespelen, zou de renner met de beste uitslag in de laatste wedstrijd (Middelkerke 11/02/2012) het voordeel genieten.